日本文化専攻博士前期課程においては、日本文化研究によって得られる高度な知見を、教育界・文化機関等において積極的に発信し、社会に貢献できる人材の育成を目的とします。
そのための教育研究上の目的として、他者と協調し、他者の知見を尊重しながら、日本文化に関する多面的、かつ高度な研究を行う能力の涵養を教育の基本理念としています。

日本文化専攻博士後期課程においては、研究者としてより積極的に社会及び学界に貢献できる人材の育成を目的とします。
そのための教育研究上の目的として、博士前期課程で培った能力をさらに向上させることで、研究成果をまとめて博士学位の取得をめざさせるとともに、その成果を著作物として公刊させること、及び、後進の指導や、研究成果の社会に対する還元、普及に貢献できる能力の育成を教育の基本理念としています。

日本文化専攻博士後期課程では、愛知学院大学大学院学則に定められた特修科目1科目を修得し、5年［修士課程（博士前期課程）を修了した者にあっては当該課程における2年の在学期間を含む］以上在学した上で、指導教授による論文作成の研究指導を受けた者が、課程博士論文を提出できます。課程博士論文提出後、主査1名、副査2名、外部審査員1名から構成される審査委員会により、口述試験を含む厳密な審査を経て、課程博士の学位を授与します。課程博士論文の審査に際しては、査読のある専門誌に掲載された論文1本を含む、最低3本からなる学術論文を執筆・公開していることを必要とします。
以上の博士学位取得の課程においては、「専門研究者としてオリジナルな問題を発見し、その解決を図れる能力」「必要な資料・文献・データを適切に収集、分析し、研究論文を作成できる能力」「高度専門職業人として活躍できる能力・倫理・責任感」を身に付けることが求められます。

日本文化専攻博士前期課程では、日本文化を多角的、総合的に捉えるため、①日本語日本文学研究、②日本文化研究、③各種領域研究の3分野から科目を構成しています。①については、日本文学、日本語音声学、日本語表現論、②については、日本語の辞書史、日本語論、日本美術史、③については、仏教文化、社会学、日本民俗学、日本思想史などの科目が用意されています。
前期課程在籍者は、このうちから講義24単位以上、演習8単位、特講相当科目4単位を取得することになっています。なお他専攻の講義により、講義24単位中の上限8単位を取得することも可能です。

上記の講義の履修を通じ、日本文化の諸問題について総合的な把握を行うと共に、2年次にわたる演習8単位においては学生の関心に応じた修士論文作成のための指導を受けます。1年次においては、課題に即した資料・先行研究の収集と読解、論理的な文章の構成方法について、また必要に応じてフィールドワークの指導等も行われます。2年次においては、先行研究を踏まえたうえで独自の知見と見解を主張できる論文の構成に関する指導が徹底されます。

講義・特講科目においては、予習・復習の実践度、レポート等の提出物、質疑応答・積極的な討論など授業参加に対する熱意などによって評価します。修士論文の評価は、先行研究の提示と問題点抽出の有無、資料（史料）の収集度やその読解・分析力、論理的思考・表現力および新知見の提示などを評価基準として、主査1名・副査2名が行います。

日本文化専攻後期課程では、特修科目の中から専修科目1科目を選定し、その研究指導12単位を必修とします。加えて、研究指導以外の科目から4単位以上選択履修し、合計16単位以上修得することが必要です。なお、博士論文は専修科目によって作成します。

研究指導では、博士の学位請求論文の執筆を主軸に学会発表や学術論文作成のための指導が担当指導教員により個別集中的に行われます。具体的には、課題に即した資料・先行研究の収集と読解、論理的な文章の構成方法について、また必要に応じてフィールドワークの指導等も行われます。併せて学位請求の条件となる査読付き学術論文の執筆についても助言と指導がなされます。これらの活動を積み重ね、最終的に独自の知見と独創性を示す課程博士論文を作成・提出することになります。