愛知学院大学大学院薬学研究科（博士課程）では、最新の薬学に精通した薬剤師、高い研究成果を上げられる薬学研究者の養成を目指しています。研究領域は医療分子薬学と医療機能薬学ですが、両分野を単に分けているのではなく、各専門知識と技術を医療薬学の発展に結び付けられるようにカリキュラムを編成しています。
　医療分子薬学領域では最新の生命科学、免疫学、神経科学、薬理学、医療薬学の教育・研究を通して、作用機能の解明、医薬品の研究開発や副作用の防止に役立つ知見に触れることができます。特に、新薬の研究開発では世界水準の知見と技術が求められることから、それらを身につけられるように、国際的かつ分野横断的な研究に取り組める環境を整えています。
　一方、臨床現場で求められる複数薬剤の適正服用指導、チーム医療への主体的貢献、院内感染防止や治験薬管理業務における適切な実践力の養成につながる教育・研究を展開しています。
　研究指導にあたっては、院生が複数領域の知見を応用できる創造性や独創性を養えるように、複数教員による指導体制を整え、新しい薬学研究を切り開く先導的な役割を果たせる人材を目指せるようにしています。
　病気の治療は、医師を中心にした医療から、医師・薬剤師・看護師などが対等な関係の中で互いに協力し合うことで患者本位の医療を提供する「チーム医療」へと転換しています。一方、医薬品の適正使用や薬効の適正評価を中心にした「医療薬学」に対する社会からの期待が高まっています。これらはいずれも薬剤師に寄せられる社会的な期待といえ、薬剤師は日々進歩する医療技術や変化する医療体制に適応できる新たな力を養っておく必要があります。また、より高度な医療の提供や革新的な医薬品の開発に貢献する必要もあります。
　そこで、私たちが養成しようと考える薬剤師とは、10年経っても、20年経っても、社会の変化、薬学や医療の進化に対応でき、社会で長く活躍することができる高度専門薬剤師です。特に地域が抱える高齢化やグローバル化の問題をはじめ、社会全般の情報化や自動化などに対応できる力を身につけた人材です。臨床や医療薬学分野における造詣を深めた地域医療の中核になる高度専門薬剤師を目指すことができます。
　薬学研究科の人材育成の根幹は、薬学及び医療薬学に関わる様々な新しい課題を自ら発見・解決できる研究能力を涵養することであり、「研究遂行能力の育成」と「医療薬学における深い見識の修得」を両輪として、社会に貢献できる薬学研究者及び医療薬学研究者の養成を目的とします。
　そのため、薬学及び医療薬学領域全般にわたる深い学識と高度な専門性を持ち、創造性と独創性を兼ね備え、様々な問題に対して柔軟に対応できる能力を養成することを教育研究上の目的とします。

　医療技術、薬物治療の高度化が進む中、薬剤師には高度かつ最新の知識と技術が求められていますが、薬学研究科博士課程では医療人として質の高い薬剤師・薬学研究者にふさわしい力を養えるのが特色です。
　医薬品の研究開発、作用機能解明、副作用の防止といった面では、最新の生命科学、免疫学、神経科学、薬理学、医療薬学を学べる一方、臨床現場で求められる新薬の理解、複数薬剤の適正服用指導、チーム医療への主体的貢献、院内感染防止や治験薬管理業務における適切な実践力の養成につながる教育・研究を展開しています。
　医薬品の研究開発においては世界水準の開発技術が求められていることから、国際的かつ分野横断的な研究を進められるようにしています。国際的な視野を養えるように英語論文研究を充実させるとともに、英語による授業やレポートの作成、海外研究者の講演などへの積極的な参加を促しています。
　研究指導にあたっては複数領域の知見を応用できる豊かな創造性・独創性を養えるように複数教員による指導体制を整えています。

　基礎薬学と医療系薬学を包括した総合的な薬学の学術を修得できるのが特色です。カリキュラムは医療分子薬学分野という基礎と医療機能薬学分野という臨床分野を専門科目にしていますが、両分野を単に棲み分けしているわけではなく、各専門知識と技術を医療薬学の発展に結び付けられるように編成しています。

• 医療分子薬学分野
  多様化した疾病治療に対応できる高度かつ最新の医薬品知識を養えるとともに、生命科学の急速な進歩に呼応して新しい医療分子薬学の創設に貢献できる力を養います。
  分子論的・細胞生物学的思考の養成を重視しつつ、医薬品開発と医療分子薬学の発展を先導する高度な教育・研究を行います。

• 医療機能薬学分野
  疾病原因解明に基づく医薬品の適正使用、医療薬剤学的見地からの患者への的確な配慮のあり方、患者のQOL支援、薬物動態と臨床効果、神経ネットワークでの薬物作用機序など、医療薬学における諸要因を多面的に解明・改善し、医療機能薬学の発展に資する高度な教育・研究を行う分野です。
  医療薬学と臨床薬学を有機的に結びつけられる高度な専門性を養えます。

　優れた業績を上げた大学院生（社会人を含む）が、最短3年で修了できる制度です。

　社会で活躍する薬剤師にも最新の知見を学べるように門戸を広げています。仕事に就きながら学べるように専門科目は18時から開講しています。
　また入学時に就学期間を設定し、博士論文にふさわしい研究を完遂する時間を確保すると共に、博士課程の学納金を予め設定した就学期間内で支払う事を可能とすることで、実質年額負担を軽減する「長期履修制度」を設定しています。
　一例として就学期間を6年と設定します。この場合、学納金の総額は4年間の博士課程の約390万円と同額ですが、総額を6年間で分けて（年額約65万円）支払う事が可能となります。
　この制度は余裕を持った研究期間の確保と共に、学納金の年額負担が軽減され、社会人大学院生のニーズに応える特徴的な制度です。

　修了後の主な進路は、薬学関連の教育・研究機関（薬系大学の教員、医療系大学の教員、国公私立の薬学関連研究所の研究員）、医療施設（臨床薬剤師、病院薬剤師、地域薬局薬剤師）、民間企業（附置研究所の研究員、医薬品開発など）、厚生・環境衛生にかかわる行政関連技官や地方自治体の保健・薬学関連部門の薬剤師・技官などです。